Las mitocondrias son unas estructuras especializadas del cuerpo humano que funcionan como «baterías» y generan la energía necesaria para la actividad celular y del organismo en su conjunto.

Las mitocondrias producen la energía necesaria para el funcionamiento celular a través de un proceso denominado «respiración celular» que requiere oxígeno y produce energía. Durante la respiración celular, se pueden producir unas formas tóxicas del oxígeno denominadas radicales libres de oxígeno. A fin de evitar el daño celular, estos radicales libres se deben neutralizar mediante otras sustancias

La función de idebenona es actuar como neutralizador de estas formas tóxicas del oxígeno. Por ello, se espera que idebenona tenga un efecto antioxidante y que, por consiguiente, evite el daño celular.

La formulación de idebenona se ha optimizado para que pueda disolverse en agua o lípidos y atravesar la membrana mitocondrial.