Mitochondriën zijn gespecialiseerde structuren in het menselijk lichaam die als batterijen dienen. Ze voeden verschillende functies van de cel en het lichaam als een geheel.

Mitochondriën produceren de energie die nodig is voor de celfunctie via een proces, “cellulaire ademhaling” genoemd, dat zuurstof vereist en energie produceert. Tijdens de cellulaire ademhaling kunnen bepaalde toxische vormen van zuurstof (zogenaamde zuurstofradicalen) worden gevormd. Deze vrije radicalen moeten door andere stoffen worden geneutraliseerd om celschade te voorkomen.

Idebenone wordt verwacht op te treden als een neutraliserend middel van deze giftige vormen van zuurstof. Er wordt aangenomen dat idebenone een antioxidant effect heeft en daardoor celschade kan voorkomen.

Idebenone is geoptimaliseerd om in water of in lipiden op te lossen en kan door het mitochondriale membraan dringen.