Mitochondrien sind spezielle Strukturen im menschlichen Körper, die die Funktion von Batterien ausüben, indem sie die Energieversorgung für zahlreiche Zellfunktionen und den gesamten Organismus bereitstellen.

Die Mitochondrien produzieren die für die Zellfunktion notwendige Energie in einem Prozess, der als „Zellatmung“ bezeichnet wird und Sauerstoff benötigt, um Energie zu produzieren. Während der Zellatmung können einige toxische Formen von Sauerstoff (die sogenannten freien Sauerstoffradikale) entstehen. Diese freien Radikale müssen durch andere Substanzen neutralisiert werden, um Schädigungen der Zellen zu verhindern.

Man geht davon aus, dass Idebenon in der Lage ist, diese toxischen Sauerstoffformen zu neutralisieren. Daher ist eine antioxidative Wirkung von Idebenon zu erwarten, die wiederum Schädigungen der Zellen vorbeugt.

Das optimal wasser- und fettlösliche Idebenon ist in der Lage, die Mitochondrienmembran zu passieren.